UPT Satuan Pendidikan SMP Negeri 2 Kraton memiliki Struktur Organisasi yang terdiri dari Kepala Sekolah, Komite Sekolah, Wakil Kepala Sekolah, Bendahara, Koordinator, Kepala Urusan (Kesiswaan, Kurikulum, Sarpras, dan Humas), Kepala Laboratorium (IPA dan Komputer), Kepala Perpustakaan, Wali Kelas, hingga Guru Mata Pelajaran. Semua itu, dapat dilihat pada gambar di bawah ini: